Энтеровирусы и в том числе Коксаки не имеют ничего общего с вирусами герпеса. Кишечные вирусы ( энтеровирусы) проникают в организм через слизистую оболочку верхних отделов респираторного и пищеварительного тракта. В ряде случаев на месте ворот инфекции возникают изменения в виде поражения слизистых оболочек (синдром острого респираторного заболевания, фарингиты, герпангина). После накопления вируса в месте первичного размножения возбудитель проникает в кровь (вирусемия) и разносится по всему организму. Энтеровирусы обладают тропизмом к нервной ткани, мышцам и эпителиальным клеткам, что проявляется и в клинической картине болезни, а также в морфологических изменениях тканей. У беременных возможно внутриутробное поражение плода. Перенесенное энтеровирусное заболевание оставляет после себя иммунитет к тому типу вируса, которым была обусловлена инфекция.